近红外分析仪NIR 是专为主份浓度高于0.1%的有机物作鉴定、定性、定量的工作而设计，样品范围从清晰或高浊度的液体以至固体都不需作测试前处理。FT-IR 是专为纯的有机样品作鉴定、定性而设计，因IR 的吸收度太强,故样品都需要作复杂的前处理稀释至浓度低于0.1%而导致较高误差。受FT-NIR 光学设计的限制，它只适合使用于低光散射、较清晰的液体在极优良环境中(如实验室) 使用，这也是较难以FT-NIR 作为高散射颗粒样品或在线检测的光学系统的主要原因。

FT-IR 是为解决高噪音IR 仪器而设计，但FT-NIR 是为扫描速度慢的NIR 仪器（滤光片式NIR）而设计、但设计最好的FT-NIR 光学系统的信/ 噪比值较福斯-近红外系统公司的仪器还差起码一到两个数量值。信/ 噪比越差、可用的波长越往可见光方向移、令可用的近红外波长范围越窄、而导致可适用的样品范围越窄。信/ 噪比的好坏决定了样品与化学计量统计学的适用性。NIR 是应用在工业上的技术(主份分析) 的仪器而FT-IR 是学术研究(对稀释后的有机物作鉴定、定性) 所用的仪器。