多功能酶标仪的分类方法众多，但最简单的莫过于用他们的滤光方式来作分界线。一般来说，可以分为滤光片型和光栅型两大类。当然也有一些型号，例如Synergy4和EnVision等，一台机器里面同时装上了滤光片和光栅。但是滤光片和光栅并不能同时完成同一个检测，还是想用光栅的时候用光栅，该用滤光片的时候用滤光片;还有一些实验非用其中一个不可，另一模块实现不了的。所以这类仪器本质上还只是把滤光片和光栅放在了一起，并没有使两者糅合而产生新的技术突破。

　　总体来说，滤光片技术由于发展已久，配合二向色镜(其实也就是另一模式的滤光反光滤镜)等光路系统，可以实现大部分实验的需要。目前常规多功能酶标仪中最高的检测灵敏度就是用滤光片型做出来的，例如TECAN Infinite F500的荧光检测的灵敏度可以达到0.04 fmol/孔(荧光素，384孔/80ul)。

　　但是滤光片型仪器由于受限于滤光片的波长和数量限制，不可能满足日益增加的实验类型的检测需要，而且有时需要对物质的吸收、激发和发射光谱进行研究，所以后来就诞生了光栅型的仪器。

　　MD公司其光栅习惯上称为单光栅。由于光纯度的不足，在光栅的后面又加入了一组带阻滤片，再把杂光过滤一遍，达到了5×10-4的杂光率，基本与纯粹的滤光片系统一致。后来TECAN又发展出了双光栅技术，通过两次光栅滤光，杂光率降到了10-6。后来，Thermo、BioTek和PE的部分新款仪器等都使用了类似双光栅技术。由于激发和发射各用了一组双光栅，此类机器又被称为四光栅型多功能酶标仪。

　　光栅型酶标仪的推陈出新，使得用户在波长选择上不再受限，而且在杂光率、带宽控制等性能上还超越了滤光片系统。例如，TECAN公司在2008年底推出使用了第三代四光栅系统的M1000酶标仪，杂光率降到了2×10-7的新低，还实现了带宽2.5～20nm连续可调。这些都是目前滤光片型酶标仪所不能或者较难实现的。